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venerdì 17 ottobre 2014

La Mutazione


La Mutazione, (spiegata in modo semplice, Pasuco: se non la capisci qui, rinuncia a comprendere la Genetica tutta).

Che cosa è.
Si tratta di una modifica del DNA, che può anche esprimersi con differenze fenotipiche (visibili a occhio nudo).
È riconducibile ad un errore di copiatura, durante la fase di replicazione del DNA (durante la duplicazione del materiale ereditario); gli individui che ne originano si definiscono ‘mutanti’ (definizione di Hugo De Vries, dalle sue osservazioni sulla primula). Si porta sempre a proposito l’esempio dell’errore dell’amanuense dei monasteri medievali, che commette un errore per stanchezza, durante la noiosa e lunga copiatura di un raro e prezioso codice salvato dalla distruzione.
La mutazione consiste quindi in una variazione nella sequenza delle basi nucleotidiche del DNA. Poiché le sequenze delle basi possiedono un significato certo, dal punto di vista biologico, un cambiamento della loro sequenza determina un cambiamento di significato (e qui, l’esempio dell’amanuense calza alla perfezione: cambiando la ‘m’ di ‘Roma’ posso ottenere ‘rosa’, oppure ‘roba’, ma  anche parole senza significato come ‘rona’ o ‘ropa’) il significato della frase sarà conseguentemente alterato e – in qualche caso – non ricostruibile.

La mutazione è un evento raro.
Avviene di solito in una percentuale compresa tra 1 individuo su 10.000 fino a un individuo su un milione (la loro osservazione – pertanto – richiede moltissimo tempo; precisamente per questo motivo furono usati prima organismi a rapido tasso riproduttivo [il moscerino della frutta, ad esempio] e poi gli agenti mutageni).

La mutazione è un evento importante.
Essa rappresenta uno dei fattori biologici che aumentano la variabilità genetica, cioè il substrato sul quale opera la selezione naturale. In pratica: permette l’evoluzione di nuove forme di vita sulla terra.
[La frequenza con la quale avviene la mutazione è stata oggetto di numerosi studi ed ha portato alla formulazione di un utile strumento (il cosiddetto ‘orologio molecolare’) per valutare il tempo occorsa dalla prima separazione tra le varie specie, ma anche il tempo (e la sede geografica) in cui è comparso una mutazione per la prima volta (utilissimo nella Genetica di Popolazioni).
Ma la frequenza può anche essere alterata da fattori vari, tra cui agenti chimici e radiazioni elettromagnetiche (si veda il caso del cosiddetto grano ‘Creso’, ottenuto alla Casaccia con irradiazione casuale di raggi X)].

Le mutazioni possono essere di vario tipo:

a)    Silente (o Neutra) .Non ha apparenti conseguenze fenotipiche, forse perché avviene in una parte di DNA non attivo. Se invece l’alterazione prodotta altera un’intera tripletta che codifica un aminoacido diverso dalla precedente, allora si parla di Missenso. [questo potrà avere un effetto più o meno marcato, sulla funzionalità della cellula e dell’organismo, a seconda dell’importanza del ruolo che quel preciso aminoacido svolge all’interno della proteina. Un esempio è l’anemia falciforme, che è determinata dallo scambiodi un’unica base nella catena Beta dell’emoglobina (Valina, invece di Leucina)]. Ove la cellula non sia in grado di tollerare i cambiamenti biochimici determinati dalla Mutazione, questa è detta Letale. Non sempre la situazione è così schematizzabile: spesso, anzi, le mutazioni  non riguardano proteine determinanti per la vita della cellula ed anzi, talvolta, sono addirittura utili alla cellula: il fenomeno della resistenza agli antibiotici dei batteri è uno di questi casi].

b)    Puntiforme (è un tipo semplice di mutazione genica). Altera una sola base del DNA. Quest’ultima può essere sostiruita da un’altra, oppure essere eliminata. Può anche verificarsi uno scorrimento (frame shift) nella lettura del codice genetico, con alterazioni di varia gravità nella decodifica del messaggio genetico.


c)    Genica. Coinvolge un solo gene, è spontanea e casuale, ha una frequenza estremamente bassa ed altera solamente la sintesi di un’unica proteina.

d)    Cromosomica. È la perdita,aggiunta, trasferimento o inversione di segmenti di un cromosoma; oppure nello scambio di segmenti fra più cromosomi.


e)    Genomica. Altera il numero dei cromosomi caratteristico della specie alla quale appartiene l’organismo colpito [ appartengono a questo tipo la Sindrome di Down o trisomia 21, la sindrome di Turner e la sindrome di Klinefelter.

Agenti Mutageni.

Sono fattori – sostanze chimiche o radiazioni – che possono aumentare la frequenza della mutazione fino ad un caso su 100 o 1000 individui. Sono stati molto usati per chiarire il fenomeno della Mutazione: appartengono a questo gruppo di agenti i raggi gamma (emessi dal radio), i raggi X e l’Iprite (costituente principale dei gas tossici usati durante la I Guerra Mondiale). Anche i raggi ultravioletti possiedono – seppure in misura molto minore – un potere mutageno.
La presenza nell’ambiente  di moltissime sostanze (benzene, catrame, stanze radioattive, metalli pesanti) è stata scientificamente correlata con la capacità di produrre  mutazioni ed in particolare con la capacità di indurre tumori. L’OMS ha stabilito che circa il 70-(0% dei tumori è oggi determinato da fattori presenti nell’ambiente.

Riparazione del DNA.

Naturalmente, nella sua meravigliosa provvidenza, la Natura possiede alcuni preziosi meccanismi di riparazione, che sono presenti in tutti gli organismi viventi, dai monocellulari all’uomo.
Non entro nel merito delle modalità di questi meccanismi, mi limito a citarne due:
1)    il principale e più importante  è la riparazione per escissione del danno; si tratta di un meccanismo complesso che richiede un’attività polienzimatica).
2)    un altro meccanismo è la foto-riattivazione dei dimeri di T (con la DNA-fotoliasi).


Di palo in frasca: Ebola

Oggi si parla molto di Ebola, a vanvera, spesso...
Visto che si parlava di mutazione, esaminiamo da questo punto di vista la situazione.

Il microrganismo che ne è l’agente eziologico – è fuori di dubbio – si sta riproducendo attivamente come mai aveva fatto prima d’ora. Questo per forza di cose aumenterà la frequenza delle mutazioni che le sue nuove generazioni presenteranno.

Adesso, Ebola non è affatto un agente infettivo pietoso nei confronti del proprio ospite: in genere lo uccide rapidamente.

Il perfetto agente infettante, invece, è quello che non uccide il proprio ospite, ma ne usa a lungo le risorse, causando fastidi sopportabili, convivendo con lui senza scatenare la necessità di una lotta senza quartiere.
Questo fatto, dal punto di vista della sopravvivenza stessa di Ebola non è positivo: esso rapidamente e facilmente estingue tutto il proprio terreno di coltura umano (se si tratta di piccoli centri sperduti del Centro Africa) e quindi deve presto scomparire (probabilmente sopravvivendo in qualche altro ospite che non conosciamo…
Adesso, lo scenario è differente: Ebola si è trasferito in grossi centri, dove il suo terreno di coltura è abbondante, ma il problema di base rimane.
L'uomo - in tutta la sua storia - ha sempre distrutto tutti gli organismi che erano troppo pericolosi per lui (questo vale tanto per la megafauna antica, quanto per i microorganismi)  e ne ha causato l'estinzione, oppure l'estrema riduzione degli areali a zone periferiche nelle quali non abita. Ha creato vaccini, farmaci, misure prudenziali e protocolli.

Le mutazioni di Ebola potranno essere – come abbiamo visto sopra – vantaggiose o svantaggiose o neutre (per l’agente infettante).

Ma come saranno per noi?

Il quadro più pessimistico vede la oomparsa diun Ebola mutante con la capacità di trasmissione per via aerea, per esempio...

Un quadro ottimista vede la comparsa di un Ebola più lento nella distruzione del proprio ospite, che si dia più tempo per sopravvivere nel medesimo ospite (e dia contemporaneamente a noi più tempo per adottare le nostre contromisure, sia naturali, sia farmacologiche).

Io non ho dubbi: potrà anche essere una lotta molto dura, ma alla fine vincerà l'uomo.

venerdì 6 settembre 2013

Nuova via per le mutazioni

Biologists uncover new path for mutations to arise

Ground-breaking new research from a team of evolutionary biologists at Indiana University shows for the first time how asexual lineages of a species are doomed not necessarily from a long, slow accumulation of new mutations, but rather from fast-paced gene conversion processes that simply unmask pre-existing deleterious recessive mutations.

Biologists uncover new path for mutations to arise
Female Daphnia pulex [Credit: Indiana University]
Geneticists have long bet on the success of sexual reproduction over asexual reproduction based in a large part on the process known as Muller's ratchet, the mechanism by which a genome accrues deleterious and irreversible mutations after the host organism has lost its ability to carry out the important gene-shuffling job of recombination.

The new work from the laboratory of IU Distinguished Professor of Biology Michael Lynch instead indicates that most deleterious DNA sequences contributing to the extinction process are actually present in the sexual ancestors, albeit in recessive form, and simply become exposed via fast-paced gene conversion and deletion processes that eliminate the fit genes from one of the parental chromosomes.

After sequencing the entire genomes of 11 sexual and 11 asexual genotypes of Daphnia pulex, a model organism for the study of reproduction that is more commonly known as the water flea, the team discovered that every asexual genotype shared common combinations of alleles for two different chromosomes transmitted by asexual males without recombination.

Asexual males then spread the genetic elements for suppressing meiosis, the type of cell division necessary for sexual reproduction, into sexual populations. The unique feature of this system is that although females become asexual, their sons need not be, and instead have the ability to spread the asexuality gene to sexual populations -- in effect, by a process of contagious asexuality.

"One might think of this process as a transmissible asexual disease," Lynch said. Exposure of pre-existing, deleterious alleles is, incidentally, a major cause of cancer, he added.

In another remarkable finding from the genome-wide survey for asexual markers, the team was also able to determine the age of the entire asexual radiation for D. pulex. Just a few years ago biologists were guessing that asexual daphnia lineages could be millions of years old, and most recent estimates put it between 1,000 years and 172,000 years. But new calculations for the molecular evolutionary rates of the two chromosomes implicated in asexuality date the establishment and spread of the asexual lineage to just 1,250 years ago. Some current asexual lineages, in fact, were only decades old, younger than Lynch himself.

Biologists uncover new path for mutations to arise
Male Daphnia pulex [Credit: Indiana University]
"A pond of asexual daphnia may go extinct quite rapidly owing to these deleterious-gene-exposing processes, but the small chromosomal regions responsible for asexuality survive by jumping to new sexual populations where they again transform the local individuals to asexuality by repeated backcrossing," Lynch said. "Soon after such a transformation, the processes of gene conversion and deletion restarts, thereby again exposing resident pre-existing mutations leading to another local extinction event. As far as the sexual populations are concerned, asexuality is infectious, spreading across vast geographic distances while undergoing no recombination."

Lynch said it remains unclear what the ultimate fate of the entire sexual species will be and whether all sexual populations will be eventually displaced by the westward march of asexual lineages.

The team from the IU College of Arts and Sciences' Department of Biology used sexual and asexual daphnia sourced from ponds and lakes in six states and two Canadian provinces. The new work supported past research showing that a westward expansion of asexual lineages began in northeastern North America.

The team was even able to determine that the genetic cause of asexuality in D. pulex -- those meiosis-suppressing genetic elements -- originated from a sister species, Daphnia pulicaria, either through introduction of those elements previously segregated in D. pulicaria or through a unique hybridization event that brought on the change.

"It is the contents of two non-recombining chromosomes derived from D. pulicaria that induce asexuality after male transmission of the otherwise asexual lineages," Lynch said.

Given that the gradual accumulation of new mutations -- Muller's ratchet -- is less of a contributor for asexual decline than the Lynch team's findings on simple loss of heterozygosity and exposure of pre-existing, deleterious alleles, evolutionary biologists will now need to look at the persistence of other asexual genomes in a new way, Lynch believes. (If an individual has two different forms of a gene on a chromosome, that individual is heterozygous; two of the same gene forms, or alleles, at a specific location makes the individual homozygous.)

"Population-genomic insights into the evolutionary origin and fate of obligately asexual Daphnia pulex," is available in early online editions of Proceedings of the National Academy of Sciences. Co-authors with Lynch were postdoctoral research associates Brian D. Eads, Abraham E. Tucker and Sen Xu and Ph.D. student Matthew S. Ackerman. Funding for the work was provided by the National Science Foundation and the National Institutes of Health.

Source: Indiana University [September 03, 2013]