martedì 18 febbraio 2014

Separare DNA antico dal nuovo

E' noto che tutto il materiale fossile scoperto prima che esistesse la tecnica di studio del DNA è stato 'contaminato' con DNA moderno, perché gli archeologi lo maneggiavano a mani nude, lasciando inconsapevolmente tracce di DNA moderno sui reperti.
Questo fatto produsse alcuni risultati comico-grotteschi, quando si iniziò lo studio biomolecolare del DNA (creduto antico), trovando 'sensazionali ed inaspettate' somiglianze interspecifiche (S. Paabo et al.) che poi - naturalmente - furono smentite con studi più corretti.
Oggi è stato proposto un metodo che 'apre le porte' allo studio del materiale fossile contaminato da DNA moderno, semplicemente separando il DNA sulla base delle alterazioni cui esso va incontro nel tempo e permettendo la distinzione tra antico (che si intende esaminare) e moderno (inquinante, che si deve scartare).
Questo semplice procedimento renderà disponibile un'enorme quantità di materiale che fino ad oggi giace nei depositi inutilizzato.

mtDNA of Okladnikov Neandertal


PNAS February 11, 2014 vol. 111 no. 6 




Separating endogenous ancient DNA from modern day contamination in a Siberian Neandertal 

Pontus Skoglund et al.

One of the main impediments for obtaining DNA sequences from ancient human skeletons is
 the presence of contaminating modern human DNA molecules in many fossil samples 
and laboratory reagents.
 However, DNA fragments isolated from ancient specimens show a characteristic DNA damage pattern 
caused by miscoding lesions that differs from present day DNA sequences. 
Here, we develop a framework for evaluating the likelihood of a sequence originating from a model 
with postmortem degradation—summarized in a postmortem degradation score—which allows
 the identification of DNA fragments that are unlikely to originate from present day sources.
 We apply this approach to a contaminated Neandertal specimen from Okladnikov Cave in Siberia 
to isolate its endogenous DNA from modern human contaminants and show that
 the reconstructed mitochondrial genome sequence is more closely related to the variation of Western Neandertals than what was discernible from previous analyses. 
Our method opens up the potential for genomic analysis of contaminated fossil material. 

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